A szájfertőzés kezelése mindig attól függ, hogy helyi problémáról van-e szó vagy találunk-e a háttérben más betegséget is. Léteznek otthoni terápiák szájfertőzés ellen, a legtöbben először ezekkel próbálkoznak. Azonban, ha sikertelenek vagyunk a különböző természetes módszerekkel, érdemes felkeresni az orvost, aki kideríti a betegség kiváltó okát.